新生儿败血症如果是已经引起了脑炎，治疗的时间相对来说要比较长一些。通常的情况下，抗生素的使用时间最好是大于3周以上。
通常情况下，发生新生儿败血症的时候，主要是由于感染所导致的，可以使用抗生素来进行治疗。新生儿败血症的患者使用抗生素进行治疗的时候，可以经验性的选择抗生素来进行治疗，也可以根据药敏实验的结果，选择敏感的抗生素来进行治疗。抗生素的使用一定要达到足量，使用时间要长一些，必须等到血培养阴性以后，再持续用药5-7天，可以最大限度的减少后遗症的发生，提高新生儿败血症引起脑炎的治愈率。
另外，发生新生儿败血症，如果是出现了脑炎，需要加强对症支持治疗。