肝囊肿和肝血管瘤在形成的原因上和治疗上有很大的区别。
肝囊肿是肝脏组织由于先天性或后天的炎症、肿瘤、创伤等导致的肝脏组织出现的囊泡样病变。而肝血管瘤是胚胎发育过程中，血管过度发育或分化异常导致的血管畸形，其中肝海绵状血管瘤最常见的。所以肝囊肿是肝组织发生了病变，而肝血管瘤是肝血管动静脉发生了病变。如果两者增大到一定的程度，都会引起压迫症状，而压迫症状就比较难以鉴别。比较难以区别是肝囊肿还是肝血管瘤引起的压迫症状。
这两者的诊断和治疗也不一样。在肝脏B超下，肝囊肿通常是液性暗区，而肝血管瘤通常是高回声结节。如果进行肝脏增强CT差异性更加明显。
两者的治疗也不一样。肝囊肿可腹腔镜下进行囊肿开窗术，或经皮经肝穿刺囊肿抽取，以及肝脏切除的手术治疗。血管瘤治疗以射频消融，或者肝动脉介入栓塞术或进行治疗