怀孕期间是可以做亲子鉴定的。不管采用什么方式的检查方法，这个都是有一定的风险的，多多少少对胎儿都会有一定的影响或者伤害的，所以如果的在怀孕期间必须要做的话，建议一定要去正规的大型医院来检查，确保一定的安全。
一般在怀孕3个月左右，可以选择采集胎儿的绒毛来进行亲子鉴定，但是这个风险是比较大的，有可能会导致胎儿畸形，所以还是不建议采用的。在怀孕5个月左右的时候，可以采集羊水来进行DNA的测定，相比而言这个时期做是比较安全的一点的鉴定方法。