临床上可以根据大便检查、胃液分析，以及各种症状等进行判断是否出现胃功能紊乱。
对于胃功能紊乱可以通过检查大便进行判断。如果检测大便中含有病毒菌群，可以明确判断是否有胃功能紊乱的情况。
胃液分析也可以判断是否出现胃功能紊乱。空腹胃液40ml左右是正常现象，如果检查胃液分泌过多，胃蠕动能力下降，就可以确诊为胃功能紊乱。
胃功能紊乱也可以通过症状进行判断。如3个月左右一直有很多不适的症状，饭后不适、上腹出现灼热或者疼痛等。不过，通过症状判断需要先排除是否有其他类似胃功能紊乱症状的器质性疾病。