B超和阴超的区别在于，B超是通过腹壁经过超声探头检查子宫附件的情况；阴超是通过特有的探头经阴道检查子宫附件以及盆腔的情况。阴超经阴道检查探头相对离检查的组织部位更近，所以相对更准确、更清晰。如果只是检查子宫的形状，卵巢是否有异常包块，B超和阴超准确性实际上差不多。
但是如果检查一些相对更精细的部位，阴超相对就更准确，比如检查宫外孕，子宫内膜息肉等一些疾病就最好选择阴超，或者是女性的腹壁脂肪比较厚，过于肥胖，腹部B超检查效果就会相对更差，这个时候也最好是选择阴超检查。
另外，做B超一般需要膀胱充盈，也就是要憋尿，做阴超不需要憋尿，所以相对更简单、方便。