动眼神经主要支配的是眼球的上直肌，内直肌，下直肌还有上睑提肌等等。它损伤以后，会出现这些肌肉的麻痹。
受伤以后可能会引起的临床表现主要有：眼肌麻痹、复视、瞳孔大小及对光反射的改变。可以引起上睑下垂，上眼睑睁开受限制。眼球不能向上，向内侧方向运动，向下的运动也受很大的限制。往往还伴有向外侧上方的斜视以及俯视。外侧方的图像为虚像，还会引起瞳孔大小的变化。
最常见同侧的瞳孔散大，直接对光反应以及间接对光反应都是消失的。但是患者的视力还存在，如果伴有视神经损伤，眼球的视力有可能减退或者消失。