肾囊肿可以分为先天性和后天性两种。有些肾囊肿是先天性因素导致的，比如多囊症，它是一种常染色体显性遗传病，多囊肾的患者一般会合并有多囊肝。多囊肾的患者大部分在二十岁左右出现症状，后期肾功能可能会逐步恶化，需要进行肾脏透析或者是肾移植等方式来进行治疗。除此以外，感染是导致肾囊肿形成的后天性因素，感染可以导致基因突变，从而形成肾囊肿。
但是对于直径小于五厘米、没有症状的肾囊肿，一般可以给予等待观察，每半年到一年复查肾脏彩超。而对于大于五厘米、有临床症状的患者需要进行相应的手术进行治疗。