胎儿在宫内缺氧是导致新生儿呛羊水的最主要原因。
宫内低氧环境下刺激胎儿呼吸中枢，有可能会出现喘息样呼吸，误将羊水吸入呼吸道。宫内低氧时咽下羊水，出生时呕吐也会导致羊水误吸。新生儿呛羊水时要立即把婴儿的头偏向一侧，轻轻拍打后背，避免羊水吸入肺部引起吸入性肺炎。
因为羊水中的活性成分以及浑浊羊水中的胎脂、胎粪，以及脱落的上皮细胞等物质会对肺部造成化学性的炎症反应，或者阻塞支气管导致肺不张，恢复起来要比单纯的新生儿感染性肺炎更慢一些。