胃肠黏膜炎症需要使用抗感染药物缓解症状，也需要用胃肠黏膜保护药物，促进疾病的缓解，同时也需要联合一般的治疗方法缓解症状，这是该疾病常用的治疗方式。
胃肠黏膜炎症，顾名思义是因为受到了病原微生物的感染，导致患者出现了反复的腹泻以及腹痛等症状，需要及时的使用相对较为敏感的抗炎药物。如果根据经验选择的抗炎药物效果欠佳，则可能需要做药物的敏感试验以及病原微生物的培养，根据检查结果选择敏感的抗炎药物，可以缩短该疾病的治疗时间。
一般治疗方式主要是调整患者的饮食结构以及患者的心态。