临床上治疗包皮龟头炎应该以选择敏感的抗生素类药物治疗，进行局部的抗炎为主，因为感染的致病菌不同，所以所选择的抗生素也是不一样的。
如果是由于细菌或者滴虫感染导致的包皮龟头炎，可以使用甲硝唑凝胶进行抗炎治疗。
如果是由于支原体、衣原体等感染导致的局部包皮龟头炎，可以使用红霉素软膏外用。
如果是由于念珠菌感染导致的霉菌性包皮龟头炎，可以使用克霉唑软膏或者是复方酮康唑软膏进行对症治疗。
无论感染哪一个类型的包皮龟头炎，首先应该注意饮食卫生，以及保持包皮龟头的干净整洁。