白塞氏病是会影响寿命。严重者会造成重要的脏器损害，从而会减少寿命，比如出现严重的胃肠道病变，可以导致肠穿孔、消化道出血、继发严重的感染等，都有可能导致死亡。
还可能出现中枢神经系统的病变，造成死亡，缩短寿命，即使存活也会遗留有严重的后遗症，病情还会反复发作。
另外，白塞氏病也可能导致严重的眼炎，而造成失明，也会减少寿命，而且还会影响到生活质量。但大多数的白塞氏病患者只要坚持正规有效的药物治疗，并且定期随诊，预后还是比较好。