舌咽神经痛的治疗方法，主要有药物治疗以及手术治疗。
药物治疗主要是使用抗神经痛、抗惊厥、营养神经的药物，以及普鲁卡因来进行治疗。药物治疗适用于发病初期的患者，大部分患者的治疗主要以手术为主，手术治疗的方法主要有舌咽神经根切断术，以及微血管减压术。
舌咽神经痛，一般经过规范性的治疗后，患者出现的症状会明显减轻或消失。但是如果不进行规范性的治疗，疼痛不但会频繁发作，而且持续的时间也会越来越长，严重的降低患者的生活质量。