输尿管下段结石的处理要根据结石的大小、引发的症状来分别对待。一般情况下，结石小于五毫米，需要多饮水、多运动，适当辅助以抗感染、排石、止痛、解痉、扩张输尿管等药物治疗。百分之八十以上可以自行排出。
结石超过八毫米，保守治疗的效果会不太理想，需要行体外碎石治疗或者是手术治疗。
原则上对保守治疗无效的输尿管下段结石，在无体外碎石禁忌症的前提下，优先考虑行体外碎石治疗。一旦保守治疗和体外碎石治疗失败，或者是引发严重并发症，需要尽快行手术取石。