卵巢不排卵时，应该针对病因进行治疗：1.卵巢先天性异常：常见的有性腺发育不全综合征、47,XXX综合征、真性两性畸形、睾丸女性化，以上均不是不孕症治疗的范畴，没有办法治愈。
2.多囊卵巢综合征引起的不排卵：治疗上减肥、降低雄激素、治疗胰岛素抵抗，然后用克罗米芬，对于部分患者，可以考虑卵巢楔形切除和卵巢切开，穿刺囊肿等疗法，也有一定的效果。
3.卵巢炎引起的不排卵：对于炎症应以抗炎治疗为主;对周围有纤维粘连者，可考虑剖腹手术或腹腔镜下行粘连分解术;对于结核感染者，则应进行抗结核治疗。
4.卵巢肿瘤引起的不排卵：腹腔镜下剥除肿瘤是最好的治疗方法。
5.卵巢子宫内膜异位引起的不排卵：可用药物治疗;可进行保守手术，应在保留正常的卵巢组织下，尽量切除可见的病灶，也可在腹腔镜下电灼较小的病灶，同时还能松解盆腔内的轻度粘连，或通过镜管的附属针头抽出子宫内膜囊肿的内容物。
6.闭经泌乳综合症引起的不排卵，可以用溴隐亭治疗，必要时用伽马刀治疗。