新型冠状病毒变异后会造成二次感染，但是二次感染发生的几率比较低。
新型冠状病毒为RNA病毒，RNA在细胞内的复制过程中会出现个别核苷酸突变，造成病毒基因变异。新型冠状病毒进入人体后，会引起特异性体液免疫应答与细胞免疫应答。
如果新型冠状病毒变异的部位，同时包括了体液免疫应答抗体识别的部位以及T细胞识别的部位，新型冠状病毒特异性抗体与T细胞均无效，这时才可能发生二次新型冠状病毒的感染。