扁桃体炎患者首先需要进行最常见的体格检查，一般扁桃体炎患者可以见到咽部的黏膜充血、水肿，如果出现化脓性扁桃体炎还可以见到脓点。扁桃体炎患者还需要进行一些实验室检查：
首先，所有人都应该进行的血常规，一般细菌感染引起扁桃体炎的患者都会出现白细胞增高。
其次，怀疑存在着风湿热等疾病的患者需要进行溶血性链球菌感染的检查。
再次，病原学检查。可以取扁桃体的分泌物进行细菌培养确定引起扁桃体炎的原因，药敏试验的结果则利于治疗药物的选择。如果怀疑扁桃体的病变不是良性，则应该进行病理组织学检查。