心包囊肿本身是不会有恶性的。
心包囊肿是一种先天性的心包良性的畸形改变，不会出现恶性病变的发生，但如果心包囊肿比较大的情况下，由于心包压迫周围的组织和器官，会引起相应的症状发生，比如心包囊肿影响到心脏的传导系统，会引起相应的心律失常现象发生，比如严重的房室传导阻滞或者阵发性心房颤动，甚至室性心动过速等。
如果心包囊肿压迫心脏，导致心脏的舒张受到限制，会出现心力衰竭发生，患者症状方面出现呼吸困难，这种情况需要及时的手术治疗，并且手术治疗之后一般也不会出现心包囊肿的复发改变。