脚趾长水泡首先要进一步的明确原因，才去对因的治疗才能够起到事半功倍的作用。
足趾长出水泡有可能是脚气，也就是真菌的感染。在真菌感染的情况之下，会导致脚趾出现透明的水泡，并伴有严重的皮肤瘙痒感。可以外用阿莫罗芬搽剂、盐酸特比萘芬凝胶涂抹局部的皮肤，对于病情严重的患者可以口服伊曲康唑来进行治疗。
对于急性或者是亚急性的湿疹也会出现水泡，在这种情况之下是需要口服盐酸左西替利嗪胶囊、依巴斯汀片等。局部可以使用弱效的糖皮质激素药膏涂抹，比如有糠酸莫米松乳膏、曲咪新乳膏等。