非淋菌性的尿道炎，最主要的治疗方案就是选择敏感的抗菌药物，杀灭感染的致病菌，同时结合临床症状对症治疗，缓解身体出现的不舒服的感觉。
所谓的非淋菌性尿道炎，也就是感染的致病菌排出淋球菌这种致病菌，比如其它的细菌、病毒、支原体、衣原体或者是真菌等感染，统称为非淋菌性的尿道炎。
可以进行病原菌的培养，如果是支原体、衣原体感染，临床上主要选择大环内酯类药物，比如阿奇霉素、红霉素等抗生素抗炎治疗，此外治疗期间严禁性生活，以免导致交叉感染。