男性生殖器畸形主要包括输精管畸形、阴茎畸形、前列腺畸形和睾丸畸形，每种畸形都有不同的症状。
1.前列腺的畸形，前列腺发育不全常常与其它的性器官发育不完全一并存在。
2.睾丸畸形，包括睾丸的位置异常、数量异常、大小异常等，每种类型异常又分为很多种，从而出现不同的症状。
3.阴茎异常，包括双阴茎、阴茎缺失、包茎、尿道上裂和下裂、潜伏的阴茎、先天性阴茎扭转等。
4.输精管畸形，包括重复输精管、先天性输精管缺如、输精管与输尿管发生绞痛等。