肺脓肿可以通过体位引流的方式排痰，对于痰液粘稠不易咳出者，可给予化痰药物或雾化吸入生理盐水，还可以使用支气管舒张剂来促进痰液的引流。
体位引流比较适用于身体条件较好的患者，应使脓肿处于最高位，每日2-3次，每次10-15分钟。另外，还可以通过纤维支气管镜冲洗或者吸引的方式排痰。
脓液引流的同时，还需要给予抗菌药物治疗，吸入性的肺脓肿多是厌氧菌感染，对青霉素敏感。血源性的肺脓肿多是葡萄球菌和链球菌感染，需注意根据感染病原菌的不同，使用有效的抗菌药物。
对于内科处理无效的肺脓肿，可以考虑手术治疗。