巧克力囊肿可以保守治疗的，所谓的保守治疗，就是药物治疗。
药物治疗的目的，就是抑制卵巢的功能，阻止这个巧克力囊肿的发展。巧克力囊肿保守治疗，也是有它的适应症的，首先这个意味着囊肿没有太大，其次有一个慢性的盆腔痛，痛经比较明显，而且有生育要求。如果囊肿很大的情况下，是不宜保守治疗的。
保守治疗常用的药物，包括非甾体类抗炎药，以及一线的口服避孕药，还有孕激素。吃这些药的目的，都是抑制的卵巢功能，对抗雌激素的分泌，使子宫内膜生长的不那么活跃，就会明显的减轻巧克力囊肿的发展。