卵巢巧克力囊肿容易复发。月经会发生周期性变化，是因为子宫内膜发生周期性脱落而形成。卵巢巧克力囊肿是因为子宫内膜组织发生异位，异位在卵巢内，甚至异位在子宫内膜，可以浸入卵巢的深处。异位在卵巢上的子宫内膜也会出现周期性出血，血液就积聚在卵巢内，逐渐增多，卵巢内部分液体被吸收，逐渐就是剩下稠厚液体跟巧克力样，所以叫卵巢巧克力囊肿。
在卵巢巧克力囊肿治疗上，有手术治疗和药物治疗。药物治疗的目的是月经不来潮，从而限制异位在卵巢内的内膜出血，达到萎缩，囊肿也就会随之缩小，但停止用药后，月经来潮，异位在卵巢的异位内膜又会出现出血，所以药物治疗以后，复发几率很大。
对有生育要求的女性，行卵巢巧克力囊肿剥除术后，因不能将卵巢上子宫内膜清除干净，仍有较高的复发率。对无生育要求，年龄大的女性，尤其有痛经等症状，可以行巧克力囊肿卵巢全切除术。术后因无卵巢，所以就不会再复发。绝经后女性的巧克力囊肿也会逐渐的萎缩，不需要治疗。