磁共振和CT同属于影像学检查，都可以把人体的各个系统器官作为检查对象，但两者之间还是有差别的。
对于中枢神经系统包括颅脑、脊髓、头颈部、四肢关节、肌肉、骨骼系统，尤其是软组织内的病变，由于磁共振比CT具有更高的软组织分辨率，因此，比如诊断脑肿瘤、鼻咽癌、颈椎病、骨肿瘤、盆腔疾病等，就适于做核磁检查。
而CT的成像速度快，能短时间大范围成像，因此具有生理运动功能的器官，比如心脏、肺以及较长的范围的器官组织，比如胸主动脉，腹主动脉和下肢的血管，更适宜CT的检查。