临床上常见的肝脓肿是由于细菌以及阿米巴原虫所引起的。阿米巴肝脓肿患者通常有阿米巴结肠炎病史，患者未得到及时治疗，阿米巴原虫随着下腔静脉进入门静脉到肝脏，然后形成肝脓肿。
细菌性肝脓肿大多是腹腔内感染直接蔓延所导致的，常见的细菌是金葡菌以及链球菌。
如果肝脏出现了外伤，细菌也可以通过伤口或者异物直接侵入到肝脏，引起肝脓肿。肝胆管出现损伤的时候，破裂的肝胆管里面的细菌也是临床常见肝脓肿的原因之一。只有极少数的肝脓肿找不到确切的原因，称为隐源性肝脓肿。