肾小管性蛋白尿主要是指各种原因所致肾小管受损后，其重吸收能力下降所致使其滤出小分子蛋白质。通常肾小管疾病导致的尿蛋白并不多，所以在临床上面治疗肾小管性蛋白尿相对容易。比如急性肾小管间质性肾炎导致的蛋白尿，主要是积极治疗原发疾病，去除诱因。
如果是因为感染导致的，要控制患者的感染；如果是因为药物过敏因素导致的，要积极的控制过敏因素；如果是免疫因素导致的，需要使用糖皮质激素治疗。经过上述治疗以后，肾小管性蛋白尿都能够消失，而且病情可以得到痊愈。
如果是慢性小管间质性肾炎，也可以使用血管紧张素转化酶抑制剂或者血管紧张素受体拮抗剂。