宝宝早上睡醒咳嗽几声，可能是由于睡觉的时候没有注意盖好被子，从而引发着凉，出现感冒引起的咳嗽，多数伴有鼻塞、流鼻涕等相关症状。
反流性食管炎也可引起早上睡醒会咳嗽。因为晚上的时候平躺，胃内容物反流到咽喉聚积过多，从而早上时清除咽喉中的分泌物引起咳嗽。
宝宝过敏性的体质可能是起床之后接触了过敏原，或者受到冷空气的刺激，从而引发出现咳嗽几声。患有鼻炎、鼻窦炎的宝宝，由于鼻腔内的分泌物增多，流入咽喉也可引起刺激性咳嗽。
此外，出现呼吸道感染、支气管哮喘，也会导致气道发生反应，引起早上咳嗽。