新冠变种核酸检测至少两次阳性才可以确诊。如果患者考虑为变异新冠病毒感染时，新冠病毒核酸检测是非常必要的。
除新冠病毒核酸检测以外，还要结合患者的流行病学接触史、临床症状以及其他的相关检查进行明确诊断。如果患者接触了疑似或者是确诊的病人，或者是接触了从疫区来的人员。
此后，出现了呼吸道的症状，例如低热、乏力、肌肉酸痛、咽痛、咳嗽等，而且血常规出现了白细胞的下降，肺CT出现了间质性的改变，连续两次新冠病毒核酸检测均为阳性时，临床上可确诊为新冠病毒感染。同时需要进一步完善实验室检查，确诊变种新冠感染。