真菌龟头炎治疗恢复所需时间比较长，一般需要坚持两周用药才能促使其恢复。
常规疗程效果不佳的情况下，还可以考虑伊曲康唑药物，间断方式给药。即是服药一周间隔一周，连续二到四周时间。龟头部位还需要高锰酸钾药物洗液进行清洗，即可以达到治疗效果。
由于真菌龟头炎容易复发，特别是个体自身免疫较差的情况下，容易出现反复感染，病情迁延不愈。为了降低复发概率，治疗的同时，需要通过饮食以及锻炼方式，提高自身免疫力。不但可以防止反复的感染，也能够降低个体基础疾病的发生几率。