直肠损伤是会引起肛门疼痛的。
直肠损伤的原因包括异物刺伤、手术损伤、器械损伤等。异物刺伤大多是发生了意外事故，如从高处坠落或交通事故，从而引起异物插入肛门直肠内。手术损伤是在做手术时误伤了直肠。器械损伤大多是在做结肠镜、直肠镜检查时，由于操作不当刺破直肠引起的。直肠损伤虽然病灶在直肠，但因为肛门周围的神经分布较丰富，直肠损伤发生腹部疼痛时，会牵扯到肛门也会发生疼痛。
出现肛门疼痛也有可能是肛裂、痔疮、肛门肿瘤等疾病引起的。需要完善检查，明确诊断，对症治疗。