乙胺嘧啶治疗量与中毒量接近，易发生中毒。长期或过量食用，更易引起中毒。主要症状包括恶心、呕吐、腹痛、烦躁不安、惊厥、昏迷、发绀。重症患者还可出现视物模糊、共济失调、心律失常、全身痉挛及呼吸、循环衰竭致而死。
若发生乙胺嘧啶中毒，应及早催吐，给氧治疗，对症支持治疗，防止惊厥。可用巴比妥类、安定等镇静药物治疗，20%的甘露醇预防脑水肿。
必要时用速尿，密切观察生命体征。注意休息，清淡饮食，保持心情愉悦，康复期亦可考虑中药治疗。