颅咽管瘤虽然是一种良性肿瘤，但是这种肿瘤主要位于颅底的鞍区很难全部切除，导致肿瘤经常在手术以后复发，所以说预后并不是特别理想。颅咽管瘤生长比较缓慢，本身不具备侵袭性，早期可以没有特殊症状，一经发现的时候肿瘤体积已经很大，患者通常都有严重的神经系统功能症状。
如果能够顺利全部切除，术后不再复发，患者就能和正常人一样成活。假如术中肿瘤没有被全部切除、术后残留、肿瘤必然复发，患者术后的生存期，依赖于术后复发的时间和复发的严重程度。一般来说成人的生存期大约为5到10年，儿童大约为20年到40年。