引起急性咽峡炎和手足口的病毒不完全一样。急性咽峡炎的病毒感染多数是柯萨奇病毒或者是腺病毒感染，手足口病的病毒感染主要是柯萨奇病毒A组16型、肠道病毒71型，此外还可以有埃可病毒等。
急性咽峡炎的治疗多使用奥司他韦等抗病毒药物，配合抗病毒口服液、连花清瘟胶囊等清热解毒的中成药一起治疗。从中医角度分析上述病情属于一种风热性疾病，发病期间，患者有可能会出现发烧症状，建议选择物理降温或药物退烧方法进行对症治疗。退烧药物可以选择布洛芬颗粒、安乃近片等药物。
如果患者咽喉部疼痛症状较为明显，还可以使用复方硼砂溶液进行对症治疗。咽峡炎属自限性疾病，对于体格健壮的患者，通过自身免疫的调节病情可以自行好转，所以轻症患者建议注意规律作息，多喝水，清淡饮食，可以暂时不用药。