糜烂性胃窦炎容易复发。如果不注意饮食、精神的因素、长期服用某些药物、幽门螺旋杆菌感染后可能导致复发。
糜烂性胃窦炎是属于良性疾病，通过注意饮食、积极治疗能完全治愈。但是发现疾病后不加以治疗，任其发展有可能导致胃癌。糜烂性胃窦炎的复发率比较高，治疗的同时还需要进行幽门螺旋杆菌检测，因为合并幽门螺旋杆菌感染，复发的几率会更高。
确定幽门螺旋杆菌感染，可根除幽门螺旋杆菌治疗。可通过四联疗法治疗一疗程，停药一个月后进行呼气试验复查、胃镜检查了解胃窦炎的恢复情况，以及幽门螺旋杆菌的根除情况。