新型冠状病毒的起因是不明原因肺炎，在这次不明原因肺炎当中，实验室通过核酸检测方法共检查出新型冠状病毒阳性15例。从这些阳性病人样本中分离出该病毒，在电镜下呈现典型的冠状病毒形态，然后判定是新型冠状病毒所致的不明原因肺炎。
对于确认病原需要一系列的程序，主要是从病人中发现病人的核酸基因组和抗体证据。然后对病原的分离和致病性鉴定进行科学研究，经过数周时间才发现。
经过一段时间的深入研究，有关专家确认新型冠状病毒的病毒来源就是海鲜市场销售的野生动物。