牙疼、根部有洞，首先需要判断牙洞的深度是否已经深达牙髓腔，然后对症治疗。
如果牙洞并没有伤及牙髓腔内部，只需要进行牙洞龋变的组织进行清除，然后进行牙体的填充治疗即可。如果牙根的洞比较深，已经深入到牙髓，在吃东西时会有明显酸痛，此时已经引起牙髓炎，应该进一步通过根管治疗进行细菌消杀，然后清理、填充，这样才能根治。
牙疼、根部有洞还可能是牙周疾病引起的牙齿损伤而出现，排除龋齿以后，还应该积极针对牙周疾病治疗。