发生心房扑动是有后遗症的，主要包括如下一些：
一、当心房扑动急性发作，可以引起极快的心室率，导致心脏负荷短时间明显增加，从而引起急性心力衰竭的发生。
二、如果患者有器质性的心脏病，心房扑动发作可以加重基础心脏病的病情。
三、持续性心房扑动发作，有可能在心房内壁形成附壁血栓，因此就有血栓脱落，造成血栓栓塞的风险。
四、长期反复发作心房扑动，会导致心房、心室明显扩大，引起心动过速性心肌病，从而诱发心力衰竭以及诱发其他心律失常的发生。