部分小睑裂综合征会有智力发育问题，也有部分小睑裂综合征无明显的智力障碍，具体还要结合患儿的症状表现、家族病史、妊娠史以及遗传学相关检查来综合判断。
大部分小睑裂并发智力发育问题的病情，都属于小儿唐氏综合征的症状表现。患儿除眼裂狭小外，同时还会表现有流涎其他特殊的颜面体征、发育异常、囟门闭合延迟、智力低下等明显症状。通过基因筛查、遗传细胞学检查大多能够确诊和区分。
也有部分小睑裂仅为单纯的小睑裂综合征无智力问题。