尿道下裂与吃孕酮没有直接的关系。
孕酮属于一种孕激素，是在医嘱下服用的药物，一般不会引起尿道下裂。尿道下裂是属于先天的畸形，因为尿道海绵体和前段的尿道出现不同程度的缺失所引起，通常见于胚胎发育中胎儿的雄激素不足或者雄激素不敏感，而导致尿道沟闭合停顿，这是引起尿道下裂的主要原因。
如果家族中有尿道下裂，婴儿患疾病的概率要高于其他的人群。有些基因发生变异也可能会影响尿道的生成，从而导致尿道不完全闭合，造成尿道下裂。