子宫内膜薄和多囊卵巢有一定关系。
子宫内膜主要受卵巢分泌的性激素影响，在卵巢分泌的雌激素作用下，子宫内膜增厚，直到月经后半期时，由于卵巢分泌的孕激素占主导位置，使子宫内膜在增厚基础上转变为分泌，进而在月经期时雌孕激素下降，子宫内膜脱落形成月经。但是多囊卵巢的病人，往往是雄激素过多，而无孕激素的产生。在这种情况下，对子宫内膜缺乏性激素支撑，内膜变薄。
因此，子宫内膜薄和多囊卵巢的女性，在某些症状上是有相似的，例如月经稀少，甚至闭经等情况。但是两者又是有区别的，多囊卵巢的病变在卵巢，可通过药物治疗，而子宫内膜薄病变在于子宫，部分女性即使卵巢功能正常，由于子宫内膜严重受损，也会导致内膜薄，因此这两者也是有区别的。