药物是可以治疗肛乳头瘤，主要就是改善肛乳头瘤所产生的症状，无法彻底地消除肛乳头瘤。
如果肛乳头瘤导致的肛门局部的坠胀、疼痛，可以使用中药成分的制剂进行泡洗。同时可以使用清热利湿、消肿止痛的药膏和药栓肛管直肠内给药。肛乳头瘤的发生，往往和肛窦的感染有一定的关联，所以在平时还可以适当地使用一些抗生素药物进行对症治疗，改善局部的症状。
肛乳头瘤属于良性的肛管直肠内的肿瘤组织，一般是不会发生癌变的情况。但是肛乳头瘤如果反复地脱出到肛门外，导致患者的局部不适感反复地发生脱出，甚至是在脱出之后不能够回纳，建议患者早做手术切除的治疗。