肺脓肿的患者是否得到有效的治疗的关键在于发病原因是否明确，对于单纯因感染病原微生物引起的肺脓肿主要是联合使用两种或以上抗菌药物以控制感染，并适时引流排痰，尽量避免号发诱因。
目前抗菌药物的品种繁多，选择有效经济的抗菌药物十分重要，也是治疗的关键所在。临床实践中大多采用青霉素或头孢类为主，可以获得较为满意的治疗效果，但无论选择何种抗菌药物都要以药物敏感实验结果为准，避免耐药性和抗药性的发生。