肛瘘做手术后出现流脓，要根据原因选择相应的方法处理。
如果肛瘘刚做完手术，流出脓液这属于是正常的现象。因为手术后分泌物还没有完全流干净，所以会出现有流脓的现象。每次便后要清洗伤口、更换引流条、伤口红外线理疗、观察伤口的愈合情况即可。
如果手术后一个月还出现流脓，这种情况可能出现术后假性愈合，导致肛瘘复发。需要完善肛周磁共振检查找到内口，再次做手术将瘘管和内口完全切除。对于较深的病灶，需采取挂线术治疗。术后再静脉点滴抗生素抗感染治疗，促进伤口长出新的肉芽，逐渐痊愈。