目前胆囊肿瘤的发病机制尚未明确，大多数学者认为胆囊肿瘤的发生可能与代谢、炎症、组织增生有关，部分患者的代谢功能异常，导致胆汁的成分发生改变。
异常的胆汁长期刺激胆囊壁，有诱发肿瘤的可能性，但能力的感染也是胆囊肿瘤发病机制之一，包括胆囊结石和胆囊炎，除导致胆汁的成分发生改变外，结石和炎症本身就会对胆囊的组织造成刺激，使胆囊产生炎性斑痕及肉芽肿，长此以往可发展成为胆囊肿瘤。
除此之外，某些自身免疫性疾病，会造成胆囊组织的异常增生，也是目前流行的胆囊肿瘤发病学说的观点之一。