智齿牙根断了没拔干净，可能会出现以下问题：
一、断根内留有新鲜的牙髓组织，遇冷、热、酸、甜等刺激可产生敏感和疼痛。
二、拔牙窝长期不愈合，造成食物残渣和软垢的滞留，引发细菌感染，伴有脓液溢出。有时会在牙槽骨表面形成肉芽组织，刷牙和进食时出现渗血。
三、上颌智齿的断根，如果进入上颌窦内，可造成上颌窦感染，出现头疼、鼻腔流涕及颌面部的肿胀等，需进行上颌窦根治手术。
四、如果智齿的断根接近下牙槽神经管时，可导致嘴唇麻木、口角歪斜等症状，需进行神经营养，应用维生素B族的药物。严重时还需进行下颌神经吻合手术。