医源性胆管损伤的原因一般都是，手术医生在胆管附近做一些手术操作的时候，不慎损伤到了胆管。最常见的手术就是腹腔镜下胆囊切除术，有时候因为胆囊炎症比较严重，胆囊的壶腹部和肝总管粘连十分紧密。如果手术者操作不够细致，由于动作粗暴就会在分离的过程中引起肝总管的损伤。有时候在结扎胆囊动脉或者胆囊管的过程中，夹闭的组织过多，从而会夹到胆总管，引起胆总管的损伤。还有时候解剖位置变异，手术者误将胆总管当作胆囊管结扎的。
另外，还有一些胃十二指肠手术、胆肝总管的手术、内镜下括约肌切开术，有时候也会不慎损伤到胆管，这种概率相对较低。
总而言之，在手术操作中始终保持敬畏之心，操作谨慎才能尽可能避免这类情况的发生。