直肠黏膜脱垂可行药物治疗和手术治疗。
中医认为直肠黏膜脱垂与中气下陷有关，轻度的直肠黏膜脱垂可以口服补气提升的药物，如补中益气汤。也可多做提肛运动和盆底肌的锻炼，增加盆底肌力量，可以固定直肠，缓解直肠黏膜的脱出。严重的直肠黏膜脱垂，必须要做手术治疗，常用的手术方式包括有注射硬化剂到黏膜肌层，固定直肠黏膜和肌层。还可进行吻合器痔上黏膜环形切除手术，切除松弛的黏膜，然后进行直肠黏膜缝扎固定。手术后要注意局部伤口的护理，需要打消炎针抗感染治疗，伤口每天消毒换药治疗，配合甲硝唑注射液注入肛门，避免出现伤口感染、出血。
术后需要禁食三天，三天不能排便，防止大便时撕裂伤口。三天后饮食要吃容易消化、清淡的食物，多吃蔬菜水果，多喝水，保持大便的软化通畅，避免便秘，影响伤口的愈合。术后一个月左右需要到医院复查一次，查看伤口愈合情况。