甲状腺结节穿刺最常见的并发症是穿刺点出血，但是出血量很少，不会危及生命。在穿刺时，患者尽量配合医生操作，不要说话或者做吞咽动作，一般不会损伤血管和神经。
目前国内外无报道证明甲状腺结节穿刺，会导致恶性细胞通过针道发生转移。对于一些临床上甲状腺结节体积较大、形态异常，考虑有可能出现恶变可能，就需要进行甲状腺结节穿刺检查。
将穿刺吸出的成分送去进行进一步的分析和评估，这样可以判断患者甲状腺结节是良性还是恶性，然后可以进行进一步的治疗。
整个过程需要内分泌科医生和超声科、细胞学医生，共同配合来完成。