子宫腺肌症和子宫内膜异位症都是子宫内膜有异位的情况，都会出现继发性进行性加重痛经的症状。但是两者还是有区别的：
一、异位的部位不同，前者是异位至子宫肌肉层中，而后者可异位至全身各脏器，如卵巢、阴道、膀胱等等。
二、症状不同，除了上述症状，前者还会出现月经量增多、慢性盆腔痛、不孕等。而后者主要依据内膜异位的不同部位而出现相应的不同症状，例如如果异位至鼻腔可能月经期会出现流鼻血等。
三、妇科检查不同，前者的子宫是均匀性增大，质地非常硬，而后者的子宫可能是正常大小，如果异位在卵巢上可能会出现卵巢巧克力囊肿。
但这两种疾病的治疗有些相似，都可以药物治疗加手术治疗。由于两者对生育都有一定的影响，建议治疗后尽早怀孕。