复发性阿佛它溃疡是临床上最常见的口腔黏膜疾病。由于溃疡的发病原因尚不明确，因此治疗主要是局部对症处理、改善全身症状和支持治疗。
局部的治疗包括应用含漱液，局部涂摸曲安奈德软膏或者是曲安奈德悬液加利多卡因局部封闭治疗。
全身的治疗主要包括针对患者的免疫状态选择药物，如果免疫低下选择免疫增强剂，如迪赛。如果免疫高或者是免疫紊乱选择沙利度胺。但是要注意这种药的严重副作用是致畸，因此用药一定要慎重。
支持治疗包括补充维生素和微量元素，饮食上应该禁食刺激性的食物。